Es prácticamente imposible de ver mas la proteína p53 oculta en su interior una posible clave para sanar el cáncer. “Se trata de un supresor tumoral esencial – explica Rommie Amaro, de la Universidad de Texas, en un comunicado – que ha mutado y está inactivo en el cincuenta por ciento de todos y cada uno de los cánceres humanos. Por tanto la busca de su reactivación ha sido un logro que la oncología ha perseguido a lo largo de mucho tiempo”. Y el modo perfecto en el que ha abordado este reto Amaro es procurando modelar el que hasta la data es el sistema más grande a nivel atómico de la proteína p53: uno con cinco millones de átomos. El reto es particularmente bastante difícil debido a la arquitectura compleja y las múltiples zonas flexibles de p53. Por esta razón ha recurrido al superordenador Stampede , del Centro de Computación Avanzada de Texas. Stampede es capaz de efectuar nueve mil seiscientos billones de operaciones de coma flotante por segundo (FLOPs), lo que lo transforma en uno de los más veloces superordenadores libres para la investigación científica. En verdad en su primer año hizo más de dos millones de trabajos científicos. Y este es uno de los más complejos.

Amaro ha bautizado a la proteína p53 como el “guardián del genoma”, puesto que se halla en el epicentro del mecanismo de eliminación tumoral y es una proteína esencial para la regulación de la vida celular, conforme con una investigación que misma publicó en la gaceta Oncogene. Entre sus funciones se halla advertir el daño a una célula y supervisar su muerte o bien detener su ciclo. Mas si está mutado no puede advertir esto y la célula dañada se reproduce, provocando tumores. Tratándose de un sistema tan complejo “resulta realmente difícil, prácticamente imposible estudiarlo de forma experimental – explica Amaro – . Por esta razón recurrimos a un modelo “en silicio”.

El empleo de Stampede ha revelado esencial información hasta el momento ignota sobre p53. Por poner un ejemplo, por vez primera se han podido ver interactúes directas entre una zona de esta molécula y el ADN. Asimismo han podido entender de qué forma se relaciona toda la proteína (y no solo ciertas áreas) con el ADN.

“La computación llega al punto en el que puede tener un impacto en el desarrollo de nuevas terapias contra el cáncer – concluye Amaro– . Nos da una mejor entendimiento de los mecanismos de esta enfermedad y las formas de desarrollar posibles vías terapéuticas novedosas. Cuando la mayor parte de la gente piensa en investigación oncológica, no piensa en ordenadores, mas estos modelos han llegado a un punto en el que pueden tener un enorme impacto en la ciencia”.